Kehidupan awal Joan II diselubungi oleh keraguan terhadap kesahihan keturunannya dan krisis pewarisan takhta Perancis yang menyebabkan beliau disisihkan daripada takhta tersebut, meskipun beliau kemudian diiktiraf sebagai pemerintah Navarre.
Joan dilahirkan pada tahun 1312. Beliau merupakan anakanda kepada Raja Louis X dari Perancis (yang juga dikenali sebagai Louis I dari Navarre) dan permaisurinya, Margaret dari Burgundy. Bapanya ialah putera sulung dan pewaris Raja Philip IV dan Ratu Joan I.
Pada tahun 1314, Margaret, bersama dengan ipar-iparnya Joan dan Blanche dari Burgundy, telah ditangkap. Mereka didakwa atas tuduhan perzinaan dengan dua orang kesatria, adik-beradik Philip dan Walter dari Aunay. Selepas diseksa, salah seorang adik-beradik itu mengaku bahawa mereka telah menjadi kekasih Margaret dan Blanche selama tiga tahun. Adik-beradik Aunay kemudiannya dihukum mati, manakala Margaret dan Blanche dipenjarakan. Skandal yang dikenali sebagai Tour de Nesle Affair ini menyebabkan kesahihan Joan diragui, kerana ibunya dituduh melakukan hubungan sulit sekitar tahun kelahiran Joan.
Pada 26 November 1314, Philip IV mangkat, dan bapa Joan menaiki takhta Perancis sebagai Louis X. Margaret secara teknikalnya menjadi permaisuri Perancis, tetapi beliau tidak dibebaskan dan tidak lama kemudian meninggal dunia di penjara Château Gaillardnya. Louis X, di ranjang kematiannya, menyatakan bahawa Joan adalah anak perempuannya yang sah. Beliau mangkat pada 5 Jun 1316. Isteri kedua Louis, Clementia dari Hungary, sedang hamil pada masa itu.
Susur galur keluarga Joan, menunjukkan bapa, ibu, ibu tiri, dirinya, dan adik-beradiknya.
Clementia melahirkan seorang putera, John Posthumus, pada 13 November 1316, tetapi beliau mangkat lima hari kemudian. Bapa saudara Joan dari sebelah ibunya, Odo IV, Duke dari Burgundy, yang berada di Paris, memulakan rundingan dengan putera kedua Philip IV, Philip si Tinggi, untuk melindungi kepentingan Joan. Namun, Philip tidak memenuhi tuntutan Odo. Sebaliknya, beliau mengaturkan pertabalannya sendiri, yang berlangsung di Reims pada 9 Januari 1317.
Majlis Estet Umum tahun 1317, sebuah perhimpunan pembesar Perancis, mengukuhkan kedudukan Philip pada 2 Februari, dengan mengisytiharkan bahawa seorang wanita tidak boleh mewarisi takhta Perancis. Pembesar Navarre juga menghantar delegasi ke Paris untuk bersumpah setia kepada Philip. Philip juga enggan menyerahkan Champagne dan Brie kepada Joan.
Nenek Joan dari sebelah ibunya, Agnes dari Perancis, menghantar surat kepada pembesar Perancis terkemuka, membantah pertabalan Philip, tetapi Philip V menaiki takhta tanpa penentangan sebenar. Surat juga ditulis kepada pembesar Champagne atas nama Joan, menggesa mereka untuk tidak memberi penghormatan kepada Philip dan melindungi hak Joan ke atas Champagne. Dalam surat lain, Odo IV berpendapat bahawa pelucutan hak Joan oleh Philip V adalah bertentangan dengan "hak ilahi undang-undang, mengikut adat, dalam penggunaan yang disimpan dalam kes-kes serupa di empayar, kerajaan, fief, di baroni dalam tempoh yang begitu lama sehingga tiada ingatan tentang sebaliknya". Namun, bapa saudara Philip V, Charles dari Valois, mengalahkan penyokong Joan.
Philip V dan Odo mencapai persetujuan pada 27 Mac 1318. Philip mengahwinkan anak perempuan sulungnya (juga bernama Joan) dengan Odo, mengiktiraf mereka sebagai pewaris kaunti Burgundy dan Artois. Sementara itu, Joan dijadualkan berkahwin dengan sepupunya Philip dari Évreux, dengan mas kahwin sebanyak 15.00 K livres tournois dalam bentuk sewaan dan hak untuk mewarisi Champagne dan Brie sekiranya Philip V mangkat tanpa meninggalkan anak lelaki. Persetujuan itu juga menyatakan bahawa Joan akan melepaskan tuntutannya ke atas Perancis dan Navarre pada usia dua belas tahun, namun tiada bukti bahawa penyerahan itu pernah berlaku.
Perkahwinan Joan dan Philip dirayakan pada 18 Jun 1318. Selepas itu, Joan tinggal bersama nenek suaminya, Marie dari Brabant. Walaupun mereka tinggal berdekatan, Philip dan Joan tidak dibesarkan bersama kerana perbezaan usia. Perkahwinan mereka hanya disempurnakan pada tahun 1324.
Bapa Joan, Louis X.Ibu Joan, Margaret dari Burgundy.
Philip V mangkat tanpa meninggalkan putera yang masih hidup pada awal tahun 1322. Adiknya, Charles si Cantik, yang merupakan putera terakhir Philip IV yang masih hidup, menggantikan beliau di Perancis dan Navarre. Kebanyakan bangsawan Navarre enggan memberi penghormatan kepada Charles, dan beliau tidak mengesahkan Fueros (atau kebebasan) Navarre.
Charles mangkat pada 1 Februari 1328, mencetuskan krisis pewarisan yang lain. Memandangkan balu Charles, Joan dari Évreux, sedang hamil, para pembesar Perancis dan bangsawan Perancis berpengaruh lain berkumpul di Paris untuk memilih seorang pemangku. Majoriti bangsawan Perancis menyimpulkan bahawa Philip dari Valois mempunyai tuntutan terkuat terhadap jawatan itu, kerana beliau adalah saudara patrilinear terdekat dengan raja yang telah mangkat. Wakil-wakil Estet alam di Navarre, yang berkumpul di Puente La Reina pada 13 Mac, menggantikan gabenor Perancis dengan dua bangsawan tempatan.
Balu Charles melahirkan seorang puteri, Blanche, pada 1 April. Kelahirannya menjelaskan bahawa garis keturunan lelaki langsung dinasti diraja Capetian Perancis telah pupus dengan kemangkatan Charles si Cantik. Joan dan suaminya boleh menuntut takhta Perancis, kerana kedua-duanya adalah keturunan raja-raja Perancis, tetapi terdapat sekurang-kurangnya lima penuntut lain, termasuk Philip dari Valois. Wakil-wakil penuntut bertemu di Saint-Germain-en-Laye untuk mencapai kompromi.
Perhimpunan umum Navarre meluluskan resolusi pada bulan Mei, meminta Joan untuk melawat Navarre dan mengambil alih kawalan kerajaannya, kerana mahkota itu miliknya "mengikut hak pewarisan dan keturunan".
Philip dari Valois ditabalkan sebagai Raja Perancis di Reims pada 29 Mei. Beliau tidak mempunyai tuntutan ke atas Navarre, Champagne, dan Brie, kerana beliau bukan keturunan Joan I dari Navarre. Untuk mengukuhkan kedudukannya di Perancis, pada bulan Julai Philip mengiktiraf hak Joan dan suaminya untuk memerintah Navarre. Beliau juga memujuk mereka untuk melepaskan Champagne dan Brie sebagai pertukaran untuk kaunti Longueville, Mortain, dan Angouleme, kerana beliau ingin memelihara Champagne dan Brie yang strategik penting untuk mahkota Perancis.
Selepas keputusan perhimpunan umum Navarre pada Mei 1328, Joan dianggap sebagai pemerintah Navarre yang sah. Keputusan ini menamatkan kesatuan peribadi Navarre dan Perancis, yang terbentuk melalui perkahwinan Joan I dari Navarre dan Philip IV dari Perancis. Dalam beberapa bulan berikutnya, Joan dan suaminya mengadakan rundingan panjang dengan Estet Kerajaan, terutamanya mengenai peranan Philippe dari Évreux dalam pentadbiran kerajaan. Walaupun bangsawan Navarre hanya mengiktiraf hak warisan Joan untuk memerintah, suaminya juga menuntut kuasa. Semasa ketiadaan pasangan itu, pogrom terhadap orang Yahudi berlaku di bandar-bandar Navarre.
Joan dan Philip dari Évreux menghantar dua bangsawan Perancis, Henri IV de Sully dan Philippe de Melun, ke Navarre untuk mewakili mereka semasa rundingan. Bangsawan Navarre pada mulanya keberatan untuk mengesahkan hak Philip untuk berkongsi pemerintahan ratu. Delegasi perhimpunan umum mula-mula mengisytiharkan bahawa Philip akan dibenarkan mengambil bahagian dalam pentadbiran Navarre dalam mesyuarat di Roncesvalles pada November 1328. Walau bagaimanapun, mereka juga menyatakan bahawa semua elemen tradisional pertabalan (termasuk penaikan pemerintah baru di atas perisai dan melontar wang kepada penonton) hanya akan dilaksanakan berkaitan dengan Joan. Untuk menekankan tuntutan Philip untuk memerintah di wilayah isterinya, Henry de Sully merujuk kepada Paulus Rasul yang telah menyatakan bahawa "kepala wanita adalah lelaki" dalam Surat Pertamanya kepada Korintus. Sully juga menegaskan bahawa Joan telah meluluskan dan bersetuju untuk mengukuhkan kedudukan suaminya.
Joan dan Philip tiba di Navarre pada awal tahun 1329. Mereka ditabalkan di Katedral Pamplona pada 5 Mac. Kedua-duanya diangkat di atas perisai dan kedua-duanya melontar wang semasa upacara tersebut. Mereka menandatangani sumpah pertabalan, menetapkan prerogatif diraja mereka. Piagam itu menekankan bahawa Joan adalah "pewaris sejati dan semula jadi" Navarre, tetapi juga mengisytiharkan bahawa "seluruh kerajaan Navarre akan mematuhi pasangannya". Walau bagaimanapun, bangsawan Navarre juga menetapkan bahawa Joan dan Philip mesti melepaskan mahkota sebaik sahaja pewaris mereka mencapai umur dua puluh satu tahun, atau mereka diwajibkan membayar denda sebanyak 100.00 K livres. Joan juga memberi pampasan kepada suaminya untuk perbelanjaannya yang berkaitan dengan pemerolehan Navarre.
Semasa pemerintahannya, Joan II bersama suaminya, Philip III, melaksanakan pelbagai dasar dan langkah-langkah pentadbiran yang membentuk kerajaan Navarre.
Joan II dan Philip III dari Navarre bekerjasama rapat semasa pemerintahan bersama mereka. Daripada lapan puluh lima dekri diraja yang terpelihara dari tempoh pemerintahan bersama mereka, empat puluh satu dokumen dikeluarkan atas kedua-dua nama. Walau bagaimanapun, sumber menunjukkan bahawa Philip lebih aktif dalam beberapa bidang pemerintahan, terutamanya perundangan. Beliau menandatangani tiga puluh lapan dekri sendirian, tanpa merujuk kepada isterinya. Hanya enam dokumen yang dikeluarkan secara eksklusif atas nama Joan.
Selepas pertabalan, pasangan diraja itu mengarahkan hukuman ke atas pelaku rusuhan anti-Yahudi dan pembayaran pampasan kepada mangsa. Ini menunjukkan komitmen mereka terhadap keadilan sosial dan perlindungan kumpulan minoriti dalam kerajaan mereka. Kubu-kubu diraja telah dibaiki dan sebuah istana baru dibina di Castelrenault semasa pemerintahan mereka. Sistem pengairan ladang-ladang kering di sekitar Tudela juga dibina dengan sokongan kewangan pasangan diraja. Mereka juga ingin mengekalkan hubungan damai dengan negara-negara jiran. Mereka membuka rundingan mengenai pertunangan puteri sulung mereka, Joan, kepada Peter, pewaris Aragon, seawal tahun 1329. Perjanjian damai dengan Castille ditandatangani di Salamanca pada 15 Mac 1330.
Joan dan Philip meninggalkan Navarre pada September 1331. Ahli sejarah Elena Woodacre menyatakan bahawa "pasangan diraja itu terpaksa mengimbangi keperluan wilayah Perancis mereka di samping pemerintahan Navarre", yang memaksa mereka untuk membahagikan masa mereka antara semua domain mereka. Menurut ahli sejarah José María Lacarra, Joan dan Philip sukar membiasakan diri dengan "selera dan adat resam bangsawan Navarre, dan asing dengan bahasa mereka", oleh itu mereka sering tidak hadir dari kerajaan. Semasa ketiadaan raja dan ratu, gabenor Perancis mentadbir Navarre bagi pihak mereka.
Pertikaian sempadan mengenai pemilikan Biara Fitero berkembang menjadi perang dengan Castille pada tahun 1335. Peter IV dari Aragon menyokong Navarre dan perjanjian damai baru dengan Castille ditandatangani pada 28 Februari 1336. Joan dan Philip kembali ke Navarre pada April 1336. Lawatan kedua mereka berlangsung sehingga Oktober 1337. Philip kembali dua kali ke wilayah itu, tetapi Joan tidak menemaninya.
Philip III mangkat pada September 1343. Joan kemudian menggantikan Philip dari Melun, yang telah mentadbir Navarre atas nama pasangan diraja, dengan William dari Brahe. Tidak lama kemudian, beliau juga memecat William dari Brahe, menggantikannya dengan Jean de Conflans. Perubahan ini mungkin mencerminkan perselisihan dengan Philip mengenai pentadbiran Navarre, menurut ahli sejarah Elena Woodacre. Pada tahun 1344, salinan Fueros dari Navarre diaturkan untuk ratu dalam bahasa Roman tempatan (in ydiomate NavarreBahasa Sepanyol), menyediakan ruang kosong untuk terjemahannya ke dalam ydioma galicanumBahasa Perancis (variasi Perancis) yang akhirnya ditinggalkan kosong. Bahasa Perancis mungkin merupakan bahasa semula jadi yang digunakan oleh Joan, walaupun untuk urusan yang berkaitan dengan Navarre. Joan menubuhkan biara San Francisco di Olite pada tahun 1345.
Joan memutuskan untuk melawat Navarre sekali lagi, tetapi beliau tidak pernah kembali, kemungkinan besar kerana kemungkinan pencerobohan domain keluarganya di Perancis semasa Perang Seratus Tahun. Beliau dan suaminya telah menyokong Philip VI menentang Edward III dari England, yang menuntut takhta Perancis sebagai putera kepada mak cik Joan, Isabella.
Namun, pada tahun 1346, Joan kecewa dengan kegagalan Philip VI sebagai pemimpin tentera. Pada bulan November, beliau dengan berani mengikat perjanjian gencatan senjata dengan Earl dari Lancaster, memberikan laluan bebas kepada tentera Edward melalui kauntinya di Angoulême sebagai balasan untuk perlindungan tanahnya. Beliau juga berjanji untuk tidak membina kubu baru atau membenarkan tentera Philip menggunakan kubu sedia ada. Philip tidak dapat mengambil tindakan terhadapnya.
Arca dada Joan II di Muzium Louvre.Makam Philip dan Joan.
Joan mangkat akibat Wabak Maut Hitam pada 6 Oktober 1349. Dalam wasiat terakhirnya, beliau meminta agar puteranya membiayai sebuah gereja kecil di Santa Maria dari Olite. Beliau dikebumikan di Basilica of St Denis, walaupun hatinya dikebumikan di gereja yang kini dirobohkan, Couvent des Jacobins di Paris, bersama dengan hati suaminya.
Suami Joan, Philip dari Évreux, ialah cucu kepada Philip III dari Perancis. Walaupun mereka adalah pemerintah bersama yang cekap, tiada bukti yang mengesahkan keintiman hubungan peribadi mereka, berbeza dengan perkahwinan datuk nenek, bapa, dan bapa saudara Joan yang didokumenkan dengan baik. Ini menunjukkan bahawa perkahwinan mereka tidak ditandai dengan kasih sayang atau kesulitan tertentu. Namun, mereka jarang berpisah dan mempunyai sembilan orang anak bersama:
Joan (sekitar 1326-1387), yang pada asalnya dihasratkan untuk berkahwin dengan Peter, bakal pewaris Aragon, tetapi kemudian menjadi biarawati di biara Franciscan di Longchamp.
Maria (sekitar 1329 - 1347), isteri pertama kepada Peter IV dari Aragon.
Louis (1330-1334), mangkat pada usia muda.
Blanche (1331-1398), isteri kedua kepada Philip VI dari Perancis.
Charles (1332-1387), pengganti sebagai count Évreux dan raja Navarre.
Philip (sekitar 1333-1363), berkahwin dengan Yolande de Dampierre.
Agnès (1334-1396), berkahwin dengan Gaston III, Count dari Foix.
Louis (1341-1372), Count dari Beaumont-le-Roger, berkahwin pertama dengan Maria de Lizarazu dan kedua dengan Joanna, Duchess dari Durazzo.
Joan (selepas 1342-1403), berkahwin dengan John I, Viscount dari Rohan.
Joan II adalah keturunan langsung dari beberapa monarki Eropah yang penting. Bapanya ialah Louis X dari Perancis, putera kepada Philip IV dari Perancis dan Joan I dari Navarre. Ibunya ialah Margaret dari Burgundy, puteri kepada Robert II dari Burgundy dan Agnes dari Perancis. Melalui jalur ini, Joan II mempunyai kaitan rapat dengan Dinasti Capetian Perancis dan Dinasti Burgundy. Perkahwinannya dengan Philip dari Évreux mengukuhkan lagi hubungan beliau dengan Kerajaan Perancis, memandangkan Philip juga merupakan cucu kepada Philip III dari Perancis. Salasilah ini memainkan peranan penting dalam tuntutannya ke atas takhta Navarre dan kaitannya dengan monarki Perancis.